TCGA癌症临床数据资源全面介绍---癌症研究教育领域的全谱！

2006年，丙型肝炎序列平面图谱（The Cancer Genome Atlas, TCGA）计划以多形性胶质母线粒体疣（GBM）、呼吸系统上皮细胞线粒体肝癌（LUSC）和卵母线粒体粘液性囊腺肝癌（OV）开始为期3年的试点项目，2009年~2015年上半年展开。到项目上半年，TCGA网络研究课题工并作者已描绘了33种丙型肝炎种类10,000余可有高血压的骨髓分子结构形态，并定义了很多骨髓分子结构免疫球蛋白。TCGA值得注意的临床研究课题关键形态代详见原先潮流化的原始数据获取。为确保自始确适用这些具序列形态的高层次临床研究课题原始数据，最近TCGA完成一批重大成果，发详见在CellPress旗下的学报。

本文对4同月5日发详见Cell上的一文完成重写。评论阐述以OS（总活过期）、PFI（无成果间隙）、DFI（无病间隙）和DSS（病症之外活过）为四个主要临床研究课题结果绕道的TCGA原先潮流丙型肝炎临床研究课题原始数据人力（TCGA-CDR）国际基本原始检索，并所述了每种丙型肝炎种类的绕道适用决定。TCGA临床研究课题原始数据可从序列原始数据共享紧致（GDC）门户网站电子书，所有的分子结构原始数据在电子书。临床研究课题原始数据和分子结构原始数据适用同样的名片结构，便于高血压的临床研究课题文献资料和试样分子结构原始数据构建。

TCGA原先潮流肝癌原始检索数据流形态

平面图1A为临床研究课题原始数据构建和研究方法及4个主要临床研究课题绕道衍生和研究的流程平面图,对33份初始登记和97份后续原始数据文件，共33种丙型肝炎种类111,60可有丙型肝炎高血压的文献资料完成了处理过程。详见1为每个TCGA数据流的基本形态。按原发骨髓试样根据分子结构形态选为每个数据流，指甲黑色素疣（SKCM）的原发和分散灶两种种类都有，其它极少数骨髓的原发与分散种类也有研究课题。

平面图1. 临床研究课题原始数据构建和研究方法及4个主要临床研究课题绕道衍生和研究流程平面图

详见1. TCGA 原先潮流肝癌数据流形态

临床研究课题结果绕道OS、PFI、DFI和DSS

总活过期（OS）很极为重要，优点是定义OS意外事件时模糊性上限。但适用OS并作绕道可能会削弱临床研究课题研究课题，因为非肝癌尸检不一定能反映借助于骨髓脊椎动物学、来袭性或对疗程缓解。适用OS或即可更长的随访有规律间；很多临床研究课题试验里，通常采行一般来说随访有规律间较宽的DFI或PFI。针对现有TCGA临床研究课题原始数据，要特别注意到有规律临床研究课题随访间隙在来袭性丙型肝炎种类结果的更有利于，因为可能会几年内就捕捉到到临床研究课题意外事件，在致死此前已借助于现健康状况发作或成果。对来袭性较弱的丙型肝炎种类，高血压在数十乃至几十年后发作，随访其间可能会无法捕捉到足够意外事件以支视之为准确结果供判断。该研究的用以是检查TCGA原先潮流肝癌临床研究课题解热检测的一般来说优势和不足，导师今后的研究和避免随访间隙有规律间不足等缺失。

研究全部TCGA临床研究课题原始数据后，论证如下：在原始数据可得到时，OS、PFI及DFI一般来说精确，但相当多才会只能预估DSS。平面图1B为33种相异丙型肝炎种类的OS K-M椭圆。尽管活过研究不是TCGA主要要能，相当多丙型肝炎种类活过椭圆与过去研究相同活过绕道的单一研究课题基本相同，GBM、OV（2008, 2011）和低最高级别胶质疣（LGG）（2015）的TCGA结果就是比较好可有证。PFI、DFI和DSS的K-M椭圆见平面图1C–1E。

平面图1 B-E临床研究课题原始数据研究

基于每种丙型肝炎种类4个绕道的捕捉到有规律间算出大约随访有规律间及意外事件或检查的里位有规律间（详见2）。所有骨髓的里位随访有规律间为22.1个同月，但相异种类丙型肝炎该有规律间关联相当程度；GBM和急性髓系帕金森氏症（LAML）最短约12个同月，而肾脏嫌色线粒体肝癌（KICH）最高约48个同月。

详见2 基本上里位随访有规律间及4个绕道的意外事件与捕捉到里位有规律间

破例适用的临床研究课题结果绕道

临床研究课题结果绕道同样取决于研究课题要能、意外事件为数、数据流大小和结果原始数据为数级。将这些方法和技术开发的其它方法并作为对单个病症原始检索的测试和补充检查，所述在每种病症种类里适用每个结果绕道的决定及原因（详见3）。每种丙型肝炎种类的活过绕道不必至少通过一个主要测试和补充检查才被给予。33种肝癌里的13种适用全部4个绕道：膀胱尿路上皮肝癌（BLCA）、子宫颈上皮细胞线粒体肝癌（CESC）、结肠肝癌（COAD）、食管肝癌（ESCA）、外周上皮细胞线粒体肝癌（HNSC）、肾脏乳头状线粒体肝癌（KIRP）、呼吸系统腺肝癌（LUAD）、LUSC、OV、胰腺肝癌（PAAD）、肉疣（SARC）、消化道腺肝癌（STAD）和子宫内膜肝癌（UCEC）。相反，无法一个绕道的有嗜铬线粒体疣和副神经疣（PCPG）。平滑肌骨髓弥漫大B线粒体平滑肌疣（DLBC）、LAML和肩腺疣（THYM）仅一个绕道；剩余丙型肝炎种类2或3个绕道，但其里一些视之为保留异议。最准确的是PFI，可无保留地破例给除LAML（无原始数据）、DLBC和KICH（谨慎适用）和PCPG（不破例）外的4种骨髓。

详见3 绕道OS,PFI,DFI及DSS的研究与破例适用

检验TCGA-CDR及案可有应用

在丙型肝炎研究课题里，雌激素ER阴性高血压临床研究课题活过期预后比ER+骨髓高血压差。分别用OS、PFI、DFI和DSS来得这两类骨髓高血压的活过期（平面图3A–3D；椭圆上半年于10年随访有规律间，但适用整个原始检索完成研究）。单原因研究显示，适用PFI（p= 0.005）和DFI（p = 0.001）并作为临床研究课题绕道，TCGA里ER+丙型肝炎高血压比ER-高血压有好处的活过期，但适用OS时两类高血压间不共存关联(p = 0.097) 。此外，两类高血压的DSS（p = 0.009）有值得特别注意关联，详见明DSS的潜在极为重要性。以上发现证明了PFI和DFI是特定种类丙型肝炎分子结构研究课题的适当绕道。

平面图3 检验和应用实可有

此外还检验了来袭性GBM活过结果绕道。TCGA里GBM里位OS为12.6个同月，介于在此之后媒体报道的国际标准疗程的12.1个同月和国际标准疗程建立联系替莫唑胺的14.6个同月错综复杂。里位PFI是6.1个同月，介于在此之后媒体报道的国际标准疗程5个同月和国际标准疗程建立联系替莫唑胺的6.9个同月错综复杂。显然，TCGA原始检索OS和PFI意外事件有规律间与手抄本相符。再次印证OS和PFI并作为GBM分子结构研究课题的临床研究课题绕道效度。

用Cox比可有不已确定性回归三维已确定高期（III、IV期）一般来说低期（I、II期）丙型肝炎高血压的不已确定性比（HR），检验4个绕道的TCGA-CDR原始数据。由于DFI定义与其它结果的定义不相符，对破例适用OS、PFI和DSS的14种种类丙型肝炎来得logHR（详见3）。随后仅对实现Cox比可有不已确定性结论的病症完成汇总（平面图3E–3G）。结果详见明，14种种类丙型肝炎里，除间皮疣（MESO）、PAAD和葡萄膜黑色素疣（UVM）外，高期对比低期HR在3个破例绕道OS、PFI及DSS上明显偏高。采行配对试样的Wilcoxon秩和检验，当适用PFI与DSS（p = 0.0008）或PFI与OS（p = 0.039）探测时，logHR有值得特别注意关联，显示病症成果和活过绕道在HR上共存系统相反；OS与DSS错综复杂无法值得特别注意关联（p = 0.106）。对2个logHR值的国际标准误完成反为加权大约已确定Pearson之外系数， 由logHR预估的3种结果有极值得特别注意自始之外：PFI和OS之外系数0.96（95%数学方法[CI]：0.77–0.99），PFI和DSS为 0.95（95%数学方法：0.76–0.99），OS和DSS为0.90（95%数学方法：0.61–0.98）。这些之外性潜在支视之为临床研究课题后期用PFI，后期用OS和DSS想到绕道。

除了构建分子结构原始数据，还无论如何研究首次疗程后无哮喘与非无哮喘否借助于现相异的原先骨髓意外事件。TCGA-CDR里29类丙型肝炎接收者用于化解该缺陷，纳入高血压从治疗到完成首治并降至无病平衡状态至少活过3个同月。以LUSC为可有，有289可有无哮喘和41可有近十年非无哮喘，NTE率分别为21.8%和68.2%。用Cox比可有不已确定性回归三维，发现在非无哮喘里NTE不已确定性值得特别注意少于无哮喘（HR = 6.68，95% CI = 4.25–10.51，FDR优化q值＜0.05）。在另外21种丙型肝炎种类里也有相近结果（详见4）。余下7种骨髓里无法捕捉到到这些关联。我们也在研究否每个三维都实现比可有不已确定性结论，其里有两个不具备，不必研究课题有规律间仰赖及多给定三维来寻找原因。

详见4 非无病与无哮喘NTE发展对比

TCGA从当今世界数百个站内获取病可有，为化解临床研究课题原始数据相异站内间的值得特别注意，即可考虑到原始数据完整性、骨髓和高血压形态等。对每种病症而言，我们对比了此前两名包括病可有数最多的许多组织来源站内（TSS）与所有其它TSS的同种病症及4个结果绕道（详见5）。

详见5 对来自此前两位TSS的每个丙型肝炎种类研究课题结果完成来得

对于GBM等极富来袭性的骨髓，此前两位TSS（#1和#2）的发作成年人与其它TSS相比较相近的有OS、PFI和DSS，因意外事件太少难以研究不破例DFI想到绕道。BRCA等较高来袭性骨髓，强力破例适用PFI和DFI，但决定谨慎用OS或DSS研究。TSS #1的临床研究课题原始数据归因于不太好的OS和DSS，但无法捕捉到到PFI关联；另外，详见面上TSS#1有好处的DFI结果，仅借助于现3可有 DFI意外事件。这种详见里不一的成因详见明该站内的结果原始数据即可有利于研究。另一方面，TSS #2的4个绕道结果与其它地方相符。

这个简单的结果来得详见明，当从特定结果研究结构上TCGA的临床研究课题原始数据时，不必考虑到TSS的完全一致接收者。由于年岁、骨髓分期/评定及疗程等原因影响相异TSS生患者群的绕道结果，TSS可以并作为这些和不完全临床研究课题正文等其它不曾探测关联的替代。

潜在的普遍存在原因、竞争结果的

不已确定性及三维结论

对临床研究课题活过绕道研究来说，决定适用所处理过程的全部临床研究课题原始数据。但相比较分子结构/序列原始数据的构建研究，要特别注意两个方面。首先，破例异议基于曲率半径活过三维，以分子结构免疫球蛋白并作预测表征划分试样集，有可能会损害结果汇总的值得特别注意性关联。因此，从互之外联的TCGA分子结构原始数据或骨髓免疫球蛋白TCGA-CDR结果原始数据里得借助于的论证即可在单一的骨髓原始检索里有利于证明。

第二，我们决定仅适用原发骨髓的分子结构原始数据，因为高血压初诊时，极为重要有规律间接收者等比如说的临床研究课题原始数据已获取一般来说完整。指甲黑色素疣（SKCM）在TCGA骨髓种类里更加一般来说，470可有骨髓里仅103可有原发骨髓，其余296可有为原发骨髓均匀分布平滑肌结分散，68可有远端分散。这与很少获取到分散疣的其它TCGA丙型肝炎种类过渡到鲜明对比。SKCM分散疣很少具有比如说的原发骨髓，而其它TCGA丙型肝炎种类尽管很少有分散疣，但都具有比如说的原发试样。因此，对于SKCM结果的之外性，决定只适用有限为数的原发作可有，尽管SCKM平滑肌结分散的III期病可有可并作为单一几部分完成研究课题。

在适用原先构建的TCGA-CDR原始检索时，还不必特别注意：潜在混淆原因、竞争结果的不已确定性及三维结论。

普遍存在原因

普遍存在原因共存但被排除在三维之外时，相反可能会偏高或低估普通人解热。如在丙型肝炎的宗教信仰关联研究课题里，白人与种族歧视高血压错综复杂共存极为重要的基因详见达关联，然而根据分子结构免疫球蛋白完成优化后，这种关联值得特别注意减少甚至消失。疗程效果也是潜在的普遍存在原因，当接收者可获取时应适当考虑到优化。疗程不曾知时，年岁、诊治病房及治疗最迟等国际标准疗程并作为替代接收者能减少部分国际标准差。对这方面的议程仿真，帮助适用骨髓标志物预后研究课题决定研究报告（REMARK）。

竞争结果的不已确定性

测定DSS、DFI和PFI绕道时，要对无法经历极为重要意外事件且无病的致死高血压完成审核。在这种才会，如果结论高血压无法其它尸检，那她/他最终仍可能会死于丙型肝炎指征。然而，在预估疗程等预测表征对继发性丙型肝炎或心血管病症等非指数丙型肝炎致死不已确定性的预测能力时，该结论并不一定可取。

三维结论

应用Cox比可有不已确定性（PH）三维不必检查PH结论。除少数案可有外，大相当多三维都实现Cox PH结论，但即可有利于探索这些美国疾病控制与预防中心以找借助于违反结论的原因，从而对HR无论如何更准确的预估。尽管之前为挖掘原始数据和化解缺陷付借助于代价了相当大决心，但仍共存极为重要的适用限制，访问TCGA临床研究课题原始数据都不必探究这些限制。

首先，TCGA主要是为分子结构研究课题设计，最初病可有同样来自多个私人机构具有适当库存许多组织的不曾疗程原发作可有，因此这些病可有不组合而成一般来说性。此外，对于每种相异骨髓种类/研究课题，随访原始数据无法统一获取。同时，临床研究课题原始数据获取的一些规则在过去迫使随着有规律间的推移而发生变化。TCGA - CDR不值得注意丙型肝炎疗程文化史，并非所有病可有都被正文。因此，研究特定骨髓种类或免疫球蛋白的疗程着重比起概况性原先潮流肝癌研究。当高血压完成完全一致疗程时，受益他用DFI和PFI绕道有效研究。

其次，TCGA试样临床研究课题随访根据当地妇产科的有规律间详见，可能会为病症或特定部位的发作和患者极为重要肉体平衡状态的记录，因此无法TCGA选定的临床研究课题随访计划，仅所述项目主要强调的骨髓分子结构形态。

再次，几乎所有TCGA得到的骨髓试样和序列及分子结构原始数据来自原先诊高血压原发骨髓的单个薄片，由此归因于的序列和分子结构原始数据不能在紧致或有规律间任何方面一致捕捉代详见另一高血压结果给定的骨髓异质性。该缺陷不是TCGA独有的，任何静态病症骨髓研究课题都共存。

展望

这项工并作是有文化史以来第一次上半年系统地处理过程TCGA原先潮流肝癌临床研究课题文献资料。由此归因于的TCGA-CDR的结果绕道与单一非TCGA研究课题结果相符，说明该人力在空此前规模的临床研究课题尺度上包括了脊椎动物观测原先视角。也要特别注意到TCGA-CDR的内在适用局限性及极其极为重要导师和破例异议。之前更加明了，人类病症将会大规模的分子结构研究课题不必系统地获取临床研究课题组织学、疗程和转归意外事件原始数据，以尽力最高国际标准的临床研究课题研究课题。尽管有其局限性，TCGA-CDR包括了国际基本原始检索，以及清晰的4个临床研究课题结果绕道导借助于，并化解了为数级缺陷，从而在原先潮流肝癌和群体水准上完成再生研究课题。将会原始数据研究课题的融合将提高结果错综复杂的值得特别注意，好处地解释和支视之为重复。

简要

An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics